১৯৭৯ থেকে ১৯৮৯ খ্রিষ্টাব্দের ভিতরে আফগানিস্তানে সোভিয়েত রাশিয়ার সামরিক বাহিনীর উপস্থিতির সময় তিনি আফগানিস্তানে আসেন। এখানে তিনি সোভিয়েত বিরোধী সশস্ত্র 'আফগান মুজাহিদ'-দের কার্যক্রমের সাথে প্রত্যক্ষভাবে জড়িয়ে পড়েন। এই সূত্রে প্যালেস্টাইনের বিশিষ্ট যোদ্ধা-সংগঠক আব্দুল্লাহ ইউসুফ আজ্‌জম-এর সাথে ঘনিষ্ট সম্পর্ক গড়ে উঠে। আব্দুল্লাহ ইউসুফ আজ্‌জম-এর অনুপ্রেরণায় এবং জিহাদি শিক্ষায় তিনি বিশ্বব্যাপী পরিচালিত হতে পারে এমন একটি ইসলামী সশস্ত্র সংগঠন গড়ে তোলার চেষ্টা করেন। সোভিয়েত বিরোধী শিবির হিসেবে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র লাদেনের বাহিনী তৈরিতে পূর্ণ সমর্থন ও সহযোগিতা দান করে। সোভিয়েত ইউনিয়নের বিলুপ্তির পর যুক্তরাষ্ট্র আফগানিস্থানে নিজেদের অবস্থান সুদৃঢ় করে। এই সময় লাদেনের সাথে যুক্তরাষ্ট্রের সম্পর্কের অবনতি ঘটে। এবং ক্রমে ক্রমে লাদেন যুক্তরাষ্ট্রে বিরুদ্ধে কৌশলী যুদ্ধ পরিচালনা শুরু করেন। মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র এবং তার সহযোগী দেশগুলো এই যুদ্ধকে সন্ত্রাসী কার্যক্রম নামে অভিহিত করে। এই সূত্রে ইসলামের শত্রুদের জন্য তিনি 'আল-কায়দা' নামক একটি প্রতিষ্ঠান তৈরি করেন।

ইনি মেধাবী এবং ইসলাম ধর্মে নিবেদিত কর্মী সংগ্রহ করেন। ইনি সৌদি আরবের রাজা কিং ফাহাদ এবং অন্যান্য আরব নেতাদের সাথে দেখা করেন এবং  এবং অমুসলিম জনগোষ্ঠী-  বিশেষ করে আমেরিকানদের কোন সাহায্য না নিতে এবং না করতে আহ্বান জানান। ইনি এই প্রচারণায় মুসলিম রাষ্ট্র প্রধানদের স্বপক্ষে আনতে ব্যর্থ হন। এরপর তার সশস্ত্র বাহিনী নিয়ে যুক্তরাষ্ট্রের বিরুদ্ধে যুদ্ধ ঘোষণা করে। মার্কিনীদের বিরুদ্ধে তাঁর সবচেয় সফল অভিযান ছিল- ২০০১ এর সেপ্টেম্বর মাসে টুইন টাওয়ারের ধ্বংস। এরপর থেকে লাদেনকে হত্যা করা এবং আলকায়দা বাহিনীকে ধ্বংস করার জন্য মার্কিন যুক্তরাষ্টা সর্বাত্মক প্রচেষ্টা গ্রহণ করে।

আফগান যুদ্ধ চলাকালীন সময় অন্তত চল্লিশবার গোলাবর্ষণের মধ্য থেকে তিনি রক্ষা পান । যুদ্ধে একবার তাঁর কুড়ি গজের মধ্যে একটা স্কাড মিসাইল ফেটেছিল। একবার বিষাক্ত গ্যাস আক্রমণে প্রায় মারা পড়েছিলেন। একবার কান্দাহারের ঘাটি থেকে খোশতের যাওয়ার সময় মার্কিন বাহিনী বিমান হামলা চালায়। কিন্তু হঠাৎ পথ পরিবর্তন করে তিনি কাবুলে চলে যান। ফলে এই আক্রমণ থেকে তিনি রক্ষা পান। এরপর এক বিমান আক্রমণে ঘটে তোরা বোরায় বা ঈগলের গুহা নামে খ্যাত আফগানিস্থানের পাহাড়ি ডেরায়। সেবারও অল্পের জন্য বেঁচে যান তিনি। এক যুদ্ধে  বাঁ কাঁধে গোলার আঘাত পান । খুব সম্ভবত জওয়াহিরি নামক একজন শল্যচিকিৎসক গোলার টুকরো অপসারণ করেন। ২০০২ খ্রিষ্টাব্দে তিনি জানুয়ারিতে আলজাজিরা টেলিভশনে বক্তৃতা করেন।

আল্-কায়দার এই আক্রমণ প্রতিহত করার জন্য, মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র লাদেনকে ধরার জন্য সর্বাত্মক প্রচেষ্টা গ্রহণ করেও, ২০১০ খ্রিষ্টাব্দ পর্যন্ত ব্যর্থ হয়। অবশেষে ২০১০ খ্রিষ্টাব্দের আগষ্ট মাসে মার্কিন গোয়েন্দা সংস্থা জানতে পারে যে, লাদেন পাকিস্তানের রাজধানী ইসলামাবাদ থেকে ৩৫ কিলোমিটার দূরে আযবোটাবাদ শহরে অবস্থান করছেন। সিআইএ সন্ধানী ড্রোন বিমানের সাহায্যে মার্কিন সৈন্যরা এই লাদেনের অবস্থানের শনাক্ত করে আক্রমণ করার সিদ্ধান্ত গ্রহণ করে।