এই সময় অনানুষ্ঠানিকভাবেই খেলাফত মজলিস দুই ভাগ হয়ে যায়। শায়খুল হাদিস আজিজুল হকের খেলাফত মজলিশের নামকরণ করা হয় বাংলাদেশ খেলাফত মজলিস। ২০০৬ খ্রিষ্টাব্দে বাংলাদেশ খেলাফত মজলিসের আমির থাকাকালে তিনি আওয়ামী লীগের সাথে বহুল আলোচিত পাঁচ দফা চুক্তি স্বাক্ষর করেন। পরবর্তীতে অসুস্থতার কারণে তিনি খেলাফত মজলিসের আমির পদ ছেড়ে দেন এবং আওয়ামী লীগের সাথে করা সেই চুক্তিও বাতিল হয়ে যায়।

নবম জাতীয় সংসদ নির্বাচনের পূর্বে রাজনৈতিক দলের নিবন্ধন বাধ্যতামূলক করলে ২০০৮ খ্রিষ্টাব্দে সংগঠনটি খেলাফত মজলিস নামে নিবন্ধন লাভ করে। খেলাফত মজলিসের নিবন্ধন নং- ৩৮, দলীয় নির্বাচনী প্রতীক দেয়াল ঘড়ি।