১৬৮৬ খ্রিষ্টাবজব চার্নক হুগলী দখল করে লুণ্ঠন চালান এবং অধিকার সুপ্রতিষ্ঠার উদ্যোগ নেন। এর ফলে মোগল সৈন্যদের সাথে ইংরেজদের পুনারয় সংঘাতের সৃষ্টি। মোগল বাহিনী হুগলী আক্রমণ করে দখল করে নেয়। ফলে জব চারনক হুগলী ত্যাগ করেন।

১৬৮৭ খ্রিষ্টাব্দে শায়েস্তা খান এবং কোম্পানির ভারপ্রাপ্ত কর্মকর্তা জব চার্নককে কলকাতার ২০ মাইল দক্ষিণে উলুবেড়িতে বাণিজ্যকুঠি নির্মাণের অনুমতি দেন। ১৬৮৭ খ্রিষ্টাব্দে ইংরেজরা তাদের বাণিজ্যিক কেন্দ্র সুরাট থেকে বোম্বাইতে স্থানন্তরিত করে। বোম্বাই উপকূলে মোগল সৈন্যদের সাথে ইংরেজদের যুদ্ধ শুরু হলে শায়েস্তা খান, জব চার্নককে দেওয়া অনুমতি প্রত্যাহার করে নেন। এছাড়া এই সময় কোম্পানির সৈন্যরা ক্যাপ্টেন হিথ-এর নেতৃত্বে চট্টগ্রাম দখল করার চেষ্টা করে ব্যর্থ হয়। ১৬৮৯ খ্রিষ্টাব্দে মোগল যুদ্ধ জাহাজ সিদি ইয়াকুবের নেতৃত্বে বোম্বাই নগরী অবরোধ করে। প্রায় ১ বৎসর অবরুদ্ধ থাকার পর, কোম্পানির সৈন্যরা আত্মসমর্পণ করে। ইংরেজরা সম্রাট আওরঙ্গজেবের কাছে ক্ষমা প্রার্থনা করে। মোগল সম্রাট তাদের ক্ষমা করেন এবং ইংরেজদের পুনরায় বাণিজ্য করার অনুমতি প্রদান করেন। এই সময় কোম্পানির পক্ষ থেকে সম্রাটকে দেড় লক্ষ টাকা ক্ষতিপূরণ হিসেবে প্রদান করা হয়। এই বৎসরে বাংলার শাসনকর্তা ইব্রাহিম খাঁ জব চার্নবকে মাদ্রাজ থেকে ডেকে এনে বাৎসরিক তিন হাজার টাকার বিনিময়ে বাংলায় বাণিজ্য করার অধিকার দেওয়া হয়। একই সাথে জব চার্নবকে বাংলার জমিদারি ক্রয় করার অধিকার দেওয়া হয়।

১৬৯০ খ্রিষ্টাব্দের ২৪শে আগষ্টে চার্নক সুতানটিতে বাণিজ্যিক কেন্দ্র হিসেবে গড়ে তোলার উদ্যোগ নেন। কালক্রমে তা কলকাতা মহানগরীতে পরিণত হয়। তিনি দুই বৎসর সুতানটির উন্নয়নে ব্যস্ত হয়ে পড়েন। ১৬৯২ খ্রিষ্টাব্দের ১০ই জানুয়ারি কলকাতায় তাঁর মৃত্যু হয়।

চার্নক স্থানীয় একটি নিম্নবর্গীয় সুন্দরী বিধবাকে সতীদাহ থেকে উদ্ধার করে বিয়ে করেন। খ্রিষ্টীয় রীতি অনুসারে তাঁর নামকরণ করেন মারিয়া। মারিয়ার গর্ভে তার চারটি কন্যার জন্ম হয়। এই স্ত্রীর মৃত্যুর পর তাঁকে সেন্ট জন্ গির্জ্জায় সমাহিত করা হয়।